Hiện nay, theo CIEM khó khăn thứ nhất mà Việt Nam phải đối mặt là diễn biến dịch còn khó đoán định, đặc biệt tại các nền kinh tế chủ chốt, các đối tác thương mại – đầu tư quan trọng của Việt Nam.
Thách thức càng khó khăn hơn khi Việt Nam là một nền kinh tế có độ mở cao, phụ thuộc nhiều vào xuất khẩu, nhập khẩu, du lịch. Trong số 17 đối tác kinh tế và du lịch hàng đầu của Việt Nam, (chiếm khoảng 80% về thương mại, 90% về đầu tư nước ngoài, 80% về du lịch), phần lớn khó có thể trở lại trạng thái bình thường mới trong quý III/2020, chưa thực sự an toàn trong ngắn hạn, thậm chí đối mặt với nguy cơ làn sóng dịch bệnh thứ hai. Tận dụng cơ hội xuất khẩu các mặt hàng có nhu cầu cao (như vật tư y tế) cũng không dễ, do công nghiệp hỗ trợ trong nước còn kém phát triển, kéo theo rủi ro thiếu nguyên liệu đầu vào.
Tiếp theo, sự đứt gãy các chuỗi giá trị toàn cầu do đại dịch COVID-19 làm bộc lộ rõ hơn tính dễ tổn thương của nền kinh tế. Nếu đại dịch kéo dài, dư địa chính sách kinh tế vĩ mô của Việt Nam có thể bị thu hẹp, dẫn tới hạn chế khả năng ứng phó với các vấn đề an sinh xã hội phát sinh. Nếu không được kiểm soát tốt, việc dịch chuyển chuỗi cung ứng toàn cầu có thể khiến Việt Nam trở thành điểm đến của các cơ sở sản xuất công nghệ thấp, không thân thiện với môi trường.
Xu hướng dịch chuyển sản xuất sang các mặt hàng có tính cấp bách (như khẩu trang) cũng cần được cân nhắc thận trọng để tránh sự khai thác quá mức dẫn tới thiếu linh hoạt khi tình hình kinh tế phục hồi và/hoặc chuyển hướng sau COVID-19. Mặt khác, vội vàng chạy theo một số sáng kiến dịch chuyển chuỗi giá trị mang hơi hướng "cạnh tranh địa chiến lược" - mà không cân nhắc thấu đáo - sẽ không làm tăng mức độ tự chủ của Việt Nam, mà thậm chí còn đặt ra rủi ro mắc kẹt trong cạnh tranh giữa các nước lớn.
Bên cạnh đó, với trên 98% là doanh nghiệp siêu nhỏ, nhỏ và vừa, việc duy trì sức sống cho cộng đồng doanh nghiệp trong bối cảnh hậu COVID-19 cũng là một khó khăn, thách thức lớn. Doanh nghiệp Việt Nam nhìn chung vẫn ở vị trí thấp trong chuỗi giá trị, sản xuất của khu vực và quốc tế. Phát triển khu vực kinh tế tư nhân, dù được quan tâm và có nhiều thành tựu mới, vẫn còn nhiều hạn chế. Trong khi đó, khu vực FDI chưa đáp ứng được mục tiêu chuyển giao, nâng cao và phát triển năng lực công nghệ của nền kinh tế. Khảo sát của TCTK (tháng 5/2020) cho thấy những trở ngại không nhỏ của doanh nghiệp về tiếp cận thị trường đầu ra cũng như đầu vào, nguyên liệu cho sản xuất.
Đồng thời, đại dịch COVID-19 cũng làm trầm trọng hơn các thách thức đối với an ninh của Việt Nam, cả ở khía cạnh truyền thống và phi truyền thống. Chẳng hạn, tình trạng tội phạm an ninh mạng đang ngày càng có chiều hướng gia tăng trong bối cảnh dịch bệnh COVID-19 diễn biến phức tạp, nhu cầu ứng dụng các nền tảng trên không gian mạng tăng cao. Xử lý hệ lụy từ tình trạng hạn hán, xâm nhập mặn, biến đổi khí hậu, dịch bệnh, v.v. cũng trở nên khó khăn hơn (đặc biệt tại đồng bằng sông Cửu Long), ảnh hưởng lớn tới an ninh lương thực, an ninh nguồn nước.
Cuối cùng, CIEM cảnh báo: cạnh tranh chiến lược giữa các nước lớn gia tăng hậu COVID-19 cũng gây ra những thách thức mới cho Việt Nam trong hoạt động kinh tế đối ngoại. Đối đầu Mỹ - Trung cùng các xu hướng tập hợp lực lượng trong khu vực và trên thế giới diễn biến phức tạp, khó lường hơn, thậm chí có thể gây sức ép lựa chọn đối tác ở một số thời điểm, một số vấn đề then chốt (công nghệ, vật tư y tế, chuỗi cung ứng, v.v.).
Đại dịch COVID-19 khiến nhiều hoạt động ngoại giao lớn bị gián đoạn, ảnh hưởng ít nhiều tới tiến trình thúc đẩy ký kết RCEP, kế hoạch đánh giá giữa kỳ các cơ chế quan trọng của ASEAN và xây dựng tầm nhìn ASEAN sau 2020...